Rent vann har til å gjennomgå flere behandlingsprosesser for sikker forbruk. Selv vann fra en uberørt miljø kan inneholde virus, skadelige mikrober og parasitter, hvorav mange vi har utviklet seg sammen med, men andre som kan gjøre oss alvorlig skade. De fleste offentlige vannforsyninger, blir lagret i overflatereservoarer, må gjennomgå filtrering for svevestøv, oppløste kjemikalier og biologisk aktivitet. I de fleste behandlingssystemer, pre-behandling, vanligvis filtrering, reduserer behovet for kjemisk behandling, da det reduserer belastningen av organisk materiale i vannet som skal behandles.

Klor

Pure klorgass (Cl2) har lenge vært brukt til å behandle kommunale drikkevannsforsyningen. Cl2 har en tilbøyelighet til å reagere på kloramin, klorerte hydrokarboner begge kreftfremkallende stoffer. Ved hjelp av klordioksid (ClO2) i stedet forhindrer dette problemet, som reaktant produkt, kloritt, ikke er kjent for å utgjøre en trussel mot menneskers helse. Begge stoffer sterilisere vann ved lave konsentrasjoner. Både Cl2 og ClO2 reagerer med aminosyrer, ødelegger deres funksjonalitet, men er ikke spesielt effektive mot hardt skall protozoer.

Ozon

En annen vanlig vann behandlingskjemikalie, ozon (O3) brukes til raskt å oksydere hvilket som helst organisk materiale slik som bakterier, aromatiske forbindelser og virus. Europeiske kommuner benytter ozon generatorer av mange varianter som genererer svært reaktive ozon. Ozon nedbrytes fullstendig som den reagerer på oksygen og organiske biprodukter.

Jod

Mest brukt av reisende og turgåere, er jod et trygt, hvis mildt uønsket, metode for behandling av biologiske forurensninger. Doseringen varierer med organisk innhold, og temperaturen i vannet, men gitt riktig dosering, effektivt dreper virus, bakterier og protozoa. Moderne backpacker kits kommer med en smak Neutralizer. Jod bruk er ikke anbefalt for gravide.

pH forordning

Mange kommuner endre pH-verdien av deres vannforsyninger for å gjøre vannet mindre korroderende på leveringssystemer, for å redusere utlutning av bly fra gamle rørlegging og for å redusere oppløste minerals belastninger. Lave mengder av saltsyre (HCl), blir brukt til å redusere pH, og natrium-hydroksyd (NaOH) anvendes for å heve pH.