Urin er normalt en steril kroppsvæske, men samtidig la kroppen, kan det bli infisert av bakterier. En vanlig måte for urin til kontrakt bakterier er når det er holdt i en infisert blære, noe som gir et fruktbart miljø for bakterier å vokse. Bakterier er den viktigste årsaken til urinveisinfeksjoner. Når en stor konsentrasjon av bakterier er i urinen, er det også kan resultere i asymptomatisk bakteriuri, en ufarlig tilstand som ofte krever ingen behandling.

Escherichia coli (E. coli)

En mikroorganisme som vanligvis finnes i fordøyelsessystemet, er E. coli sies å være den viktigste årsaken til urinveisinfeksjoner. Selv om E. coli bor normalt i tykktarmen, kan den klebes til åpning av urinrøret (passasje av urin fra blæren) forårsaker en infeksjon som det multipliserer, og utbreder seg gjennom urinrøret. Strands av E. coli kan ramme alle deler av urinveiene, som består av urinrør, blære, urinlederne og nyrer. Når berørt, utvikler hver del en annen infeksjon. Urinrørsbetennelse, blærekatarr og pyelonefritt er infeksjoner i urinrøret, blære og nyrer tilsvarende.

Mycoplasma og Chlamydia

I motsetning til E. coli, er disse mikroorganismer seksuelt overførbare og krever begge partnere for å bli behandlet for å bli fullstendig utryddet. De fleste blære infeksjoner oppstår fra mycoplasma og chlamydia bakterier, men et vanlig symptom er tilstedeværelsen av puss i urinen. Detektering av disse mikrobene er ofte vanskelig ved bruk av en standard urin kultur. Imidlertid kan de lett bli identifisert gjennom spesielle bakteriekulturer.

Lactobacillus

Noen mikrober, som for eksempel Lactobacillus, er normalt i små mengder i urinen. Lactobacillus er en vanlig vaginal forurensning som vanligvis er til stede i kvinners urin og kan forårsake infeksjoner når de blir funnet i store mengder. En lege kan forskrive forebyggende antibiotika til en pasient i risikosonen for å utvikle en infeksjon fra Lactobacillus.

Proteus og andre mikroorganismer

En høy pH-verdi i urinen er ofte en god indikasjon på en Proteus infeksjon. Proteus bakterien er en anerkjent årsak til dannelse av urinveissteiner, som havn bakterier som rømmer antibiotika. Mikrober som Klebsiella og enterokokker er også ofte funnet i urin, spesielt hos kvinner som er mer utsatt for infeksjoner enn menn. Noen bakterier som er sjeldnere til stede i urin, for eksempel Candida albicans, Haemophilus influenzae, Mycobacterium tuberculosis, salmonella og stafylokokker vanligvis gjør sin vei inn i urinveiene gjennom blod eller lymfatiske systemer.