Canning er ment å ødelegge skadelige mikrober i mat, men med feil håndtering, bokser blir bakterielle oppvekst. Dette skjer oftest med hjemme hermetisert grønnsaker som i utgangspunktet forurenset av jorden der de vokser og deretter oppvarmet til en temperatur utilstrekkelig for å drepe mikrober. Uaktsomhet ved kommersielle hermetikkfabrikker og til resulterer i forurensning. Ikke alle bakterier, skjønt, er dårlig. I noen tilfeller er mikrobe veksten i hermetikk faktisk oppmuntret.

Clostridium botulinum

Kjent bedre som botulisme, er dette mikrobe den vanligste typen bakterie som finnes i hermetisk mat. Opprinnelig var det forbundet med å spise dårlig pølse, derav navnet, som kommer fra det latinske ordet for pølse (botulus). I dag, derimot, er botulisme kontrakt oftest fra skitne grønnsaker. Symptomer inkluderer svimmelhet og tretthet, men døden kan resultere hvis den ikke behandles med en motgift. En god tommelfingerregel er å aldri spise fra en kan som er svulmende, da dette er en indikasjon på bakterier frigjør karbondioksid.

Bacillus stearothermophilus

I 1968 identifiserte forskerne denne flate sure spore som årsak til svinn i mange bokser med taiwanske asparges. Bacillus stearothermophilus kan overleve i en rekke klima fra kaldt vann til varmt jord. I hermetikk, fører det til at pH-nivået for å slippe. Med mindre syre for å motvirke bakterievekst, mikrober raskt reprodusere og forsure produktet.

Bacillus Coagulans

Dette er en annen type av flat sure spore. I motsetning Bacillus stearothermophilus, betyr det ikke trives i et bredt spekter av omgivelser, men gjør formere seg i svært sure hermetisk mat. National Canners Association begynte å studere flat sure sporer i 1930. Deres økt forståelse av disse organismene bidratt til å øke holdbarheten av hermetikk. Mens flat sure sporer kompromiss smaken av hermetisk mat, denne type mikrobe utgjør ingen trussel mot menneskers helse.

Lactobacillus Brevis

Noen ganger mikrober er faktisk oppfordret i produksjonen av visse matvarer. Ta for eksempel Lactobacillus brevis, en type melkesyrebakterier, som bringer om gjæringen er nødvendig for å gi surkål og kimchi deres munn-pucke smak. Dette probiotiske faktisk har en positiv effekt på menneskets fordøyelsessystem, men personer med svekket immunforsvar advares mot overforbruk.