Det er anslått at over 100000000000000 bakterier lever på eller inne i menneskekroppen, outnumbering humane celler 10 til en. Den menneskelige mikrobiomer refererer til samfunn av gunstige bakterier som bor i mennesker. Store samfunn av vennlige bakterier er funnet i ulike kropps områder, for eksempel fordøyelses og urin-systemet. Bakterieart laktobasiller er funnet i flere microbiomes over hele kroppen og spiller en betydelig rolle i å opprettholde sunne systemer.

Tarmbakterier

Omtrent 400 forskjellige arter av bakterier er til stede i tarmen. Bakteriene er assosiert med viktige funksjoner, inkludert metabolisme av mat, avfall fjerning og hindre overvekst av sykdomsfremkallende mikrober. Tarmbakterier også syntetisere viktige vitaminer som trengs av kroppen, for eksempel vitamin K produseres av colonic bakterier. Laktobasiller bakterier bistå med metabolismen av makronæringsstoffer og støtte absorpsjon. Det er ofte lagt til yoghurt og probiotiske kosttilskudd.

Vaginal bakterier

Bakterier som er tilstede på overflaten vaginal hjelpe til beskyttelse mot et spekter av genitale infeksjoner, slik som urinveisinfeksjon, gjær og seksuelt overførbare infeksjoner, og bakteriell vaginose. Selv om vaginal mikrobiomer av hver person er forskjellig, er de lactobacilli arter gående stede. Disse bakteriene produserer melkesyre, noe som skaper et surt miljø, hvor ellers skadelige bakterier ikke kan overleve. Bestander av laktobasiller er høyest hos kvinner i reproduktiv alder.

Muntlige bakterier

Munnen er hjem til ca 600 arter av bakterier, som lever på områder som tenner, tunge, kinn og lepper. Munnen er en viktig inngangspunkt for mikrober, og gunstige bakterier er en første forsvarslinje. Laktobasiller arter er også til stede i muntlig microbiomes, særlig innenfor de tidlige årene av menneskeliv. Selv knyttet til inhibering av skadelige bakterier som forårsaker tannråte, kan det også føre til tannråte seg på grunn av sin evne til å produsere melkesyre.

Hud bakterier

Huden havner milliarder av ufarlige bakterier og er også den første linjen i forsvaret mot patogene bakterier. Huden har muligens den mest mangfoldige utvalg av bakteriearter. For eksempel bakterier som finnes i armhulene er svært forskjellig fra de som er på underarmene. Som et resultat av visse hudlidelser er mer fremherskende i visse deler av legemet, slik tilfellet var med eksem, noe som favoriserer den indre delen av albuen.