Edman degradering - en velkjent fremgangsmåte for identifisering av den N-terminale aminosyre i et protein - krever spaltning av aminosyren, etterfulgt av identifisering ved hjelp av kromatografi eller elektroforese. Automatiserte prosesser akselerere N-terminal sekvensering.

Fakta

Proteiner som produseres inne individuelle cellene fungerer som hormoner, enzymer og andre viktige regulatorer. Genetisk mutasjon som resulterer i et unormalt protein kan ha alvorlige helsemessige konsekvenser.

Process

Den N-terminale aminosyre blir spaltet ved behandling med en av flere reagenser, og deretter hydrolysert for å danne en separat aminosyre. Tynnsjiktskromatografi, HPLC eller elektroforese bestemmer størrelsen av aminosyren, og sammenligner den med en kjent standard størrelse. De nye N-terminale enden av det gjenværende proteinet kan spaltes på lignende måte for identifisering.

Automatisering

Applied Biosystems ledet utviklingen av automat Edman degradering, som binder et renset protein til en membran, og behandler den med fenylisotiocyanat. Den frie aminosyren er automatisk injisert i en HPLC-systemet for identifikasjon.

Komplikasjoner

Proteiner må være forholdsvis rent og fritt for forurensninger for nøyaktig å bestemme den N-terminale aminosyre. Edman degradering grenser krever store proteinmolekyler fragmentert i små peptidkjeder ikke lenger 50 aminosyrer.