Gel elektroforese er en prosess for å separere stammer av DNA ved å presse den gjennom en gel plassert i en oppvarmet (og dekket) tabellen. Den porøse av gelen medfører større fragmenter for å separere først mens mindre fragmenter fortsetter gjennom gelen. Siden den første eksperimentell bruk i 1930-årene, har gelelektroforese blitt raffinert ved bruk av forskjellige typer av gel. Fra og med sukrose og deretter stivelse gels, DNA separasjon i elektroforese kraftig økt med moderne bruk av agarose og acrylaminde gels. Med utviklingen av kapillær elektroforese, har visse fordeler og ulemper blitt klart for begge metodene.

Agarose Gel

Agarosegel enkelt helles til bruk, og prøvene kan lett utvinnes. Gelen er også sterkt modifiserbare for å øke avstanden mellom store og små DNA-molekyler. Ettersom den er laget av et sukker som finnes i sjøtang, er agarose billigere enn alternativer og en sikrere gel produkt for anvendelse i elektroforese.

Akrylamidgel

Som agarose, er lett å modifisere akrylamid. Med en høyere belastningskapasitet, kan det kjøres flere prøver på samme. Den viktigste fordelen er at i løpet av agarose akrylamid har mindre porer, noe som gjør det bedre egnet for separering av mindre DNA-molekyler som agarosegel ikke ville være i stand til å separere. Imidlertid er boblende et større problem for akrylamid, og siden akrylamid er et neurotoksin, kan det være meget farlig å arbeide med.

Kapillærelektroforese

Fordi varmen oppløses raskt i polymeren, tar kapillær elektroforese mindre tid enn geler; minutter i forhold til timer. I tillegg, siden resultatene er overvåkes elektronisk hele prosessen kan automatiseres. Imidlertid kan kapillær elektroforese ikke kjøres så mange prøver samtidig som geler, og maskinene (priset på over $ 100.000 pr enhet) og reagenser koster vesentlig mer enn den gel metode for separering, slik at de fleste laboratorier ikke har tilgang til teknologien.